Tổng lượng chất thải nguy hại phát sinh trên địa bàn tỉnh ước tính trên 105 tấn/năm. Trong đó, chất thải nguy hại phát sinh từ ngành y tế chiếm đến 61,7%; tiếp đến là ngành công nghiệp (28,5%), nông nghiệp và thủy sản (7,7%)... Đặc biệt, hiện hầu hết các khu công nghiệp như Quán Ngang, Nam Đông Hà, cụm công nghiệp Vĩnh Linh, Đông Hà, Hải Lăng, Triệu Phong, Cam Lộ, Hướng Hóa... đều chưa có hệ thống xử lý nước thải, nhiều cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.